无创孕期亲子鉴定包括了自然关系鉴定和人为筛查方法。对于自然关系鉴定，通过留存尿液样本采集特定基因，比较父母双亲的遗传和表现，以检验孩子与父母的亲子关系；而人为筛查，则是利用催乳素测定仪和抗核抗体（ANA）小样本测定仪来检测精液中的抗核抗体指数、催乳素含量和重组人激素类似物，以此来判断孩子是否与男性父亲有亲子关系。
对于无创孕期亲子鉴定，主要需要男方的精液样本以及尿液，因此鉴定的最关键的是让男性父亲及时采集样本，尤其是孕检期子宫内膜早点测定，才能更有效的确定宝宝的身世。男性父亲需要放心的知道，在生殖科鉴定的过程中，所有的化验项目均无侵犯个人隐私，不会对个人身体和健康造成任何危害。
通常来讲，无创孕期亲子鉴定可以通过两种方式来实现：胎儿DNA检测法和实时荧光定量PCR（real-time quantative PCR，QF-PCR）。在这两种无创孕期亲子鉴定方法中，都需要男方的DNA材料，以用于比较分析。
胎儿DNA检测法可以通过分析母亲血液和男性DNA材料来鉴定胎儿性别。通过对比分析，可以明确确定准确的胎儿性别，从而辅助亲子鉴定。男方的DNA材料可使用精子液，血样或唾液检测材料来代替，再进行DNA测序分析。
另外，实时荧光定量PCR（QF-PCR） 技术也是测量父母和胎儿DNA位点用来诊断性别、亲子关系等比较常用的方法，其结果可以提供准确的结果，可作为判断性别和亲子关系的参考。同样的，QF-PCR也需要男方的DNA材料，这次男方可以通过血液或精子液来满足技术的要求。
无创孕期亲子鉴定主要通过采集孕妇静脉血完成检测。该方法基于胎儿游离DNA存在于母体血液中的原理，通常在孕6周后即可进行。实验室从孕妇血液样本中提取胎儿DNA，再与疑似父亲的DNA样本进行比对分析，从而判断亲子关系。
检测方法的技术流程包括：首先采集孕妇10ml左右静脉血，使用专用采血管保存；随后通过高通量测序技术或基因芯片技术，分离出其中微量的胎儿游离DNA；同时采集男方DNA样本；最后通过生物信息学分析，计算亲权指数并出具检测报告。整个过程对母体和胎儿均无创伤风险。
男方需要提供的样本类型相对灵活，主要包括：血液样本（2-5滴指尖血或静脉血）、口腔拭子（使用棉签刮取口腔黏膜细胞）、带毛囊的毛发（5-8根）、指甲碎片（5片以上）、烟蒂、牙刷等含有口腔脱落细胞的日常用品。其中血液和口腔拭子因DNA提取质量稳定，最为常用。样本采集后可常温保存，但需避免污染。
需要注意的是，该方法要求孕妇为单胎妊娠，且近一年内未接受过异体输血、器官移植或免疫治疗。检测准确率可达99.9%以上，但仍需选择具备合法资质的实验室进行，确保技术规范性和结果可靠性。
