父母子亲子鉴定的正规机构有民政部门有关医院，血液中心，公证机构，司法鉴定机关等，根据实际情况进行鉴定。此外，一些私家机构也可以提供父母子亲子鉴定服务，但无法提供任何证明，因此在选择时应特别小心。
样本方面，正规机构在父母子亲子鉴定针对血液鉴定时，一般有母亲血液、儿童血液、父亲血液三种样本；而对于公证机构进行鉴定时，孩子的亲子鉴定需要父亲书面证明文件和父母的两位监护人的有效证件三个样本；司法鉴定机关所需要的样本有母亲血液和儿童血液。最后，私家机构在父母子亲子鉴定的服务中通常需要母亲血液和儿童血液两种样本。
正规机构做父母子亲子鉴定的主要有法院、检察院、司法鉴定机构和医学科学研究院，比如中国法医学科学研究院。他们提供各类可靠的技术手段，如微量核素匹配鉴定、血液抗体定量检测、抗原检测、基因芯片技术等，来进行父母与子女的亲子鉴定，减小错误判断的可能性。
样本收集也是亲子鉴定过程中必不可少的一步，正规机构收集的样本主要有血清样本、细胞样本和唾液样本等。血清样本的准备可以从母体或捐献者获得，主要收集这些样本的部位是血液；细胞样本可从胚胎、组织等获得，这类样本可以用来比较聚合物组成结构；唾液样本则是在微量核素联合匹配方法中经常使用的样本类型，可以通过在特定毛细血管定位处取出，以实现母父亲与子女之间的亲子关系鉴定。
具备司法资质的亲子鉴定机构可开展父母子亲子鉴定，这类机构需经司法行政部门审批，拥有《司法鉴定许可证》，且鉴定项目明确包含“法医物证司法鉴定”，同时配备符合要求的实验室和专业鉴定人员。
可提供的样本分为常规样本和特殊样本两类：常规样本包括血液、血痕、口腔拭子、带毛囊的毛发，这类样本DNA含量稳定，提取难度低，是亲子鉴定中最常使用的类型；特殊样本则包括指甲、牙刷、口香糖、精液精斑、烟头、羊水、胎儿绒毛等，这类样本适用于无法提供常规样本的情况，但因DNA含量相对较少，提取和检测难度更高，部分样本可能需要特殊处理和保存。
需要注意的是，司法亲子鉴定对样本采集有严格的流程规范，通常要求由机构工作人员现场采样；个人亲子鉴定的样本可自行采集，但需遵循机构提供的采样指导，避免样本污染影响鉴定结果准确性。
