当不同双亲或作为监护人的家庭成员有异议并且存在证据疑问时，需要做偷偷亲子鉴定。通常在这种情况下，多数情况下需要做的是比较样本，这是用来发现两个人之间的相关性或与不相关性的。比较样本可以包括DNA，血细胞免疫缺陷（CIDF），血型，酶易位类型（IP），脑电活动，唾液或其他任何一种类型的样本。一般来说，比较样本可以提供婚姻，亲子或孤独关系的明确性，以及这种关系的的概率。有时，当需要提供来自一个具有确定性的比较样本的结果时，通常也将使用儿童的血液和/或唾液样本。
在进行偷偷亲子鉴定的情况下，有时候拒绝提供比较样本是可能的。但是，如果要恰当地识别亲子关系，采集所有参与者的比较样本是很重要的，即使有可能面临法律及其他挑战。为了鉴定关联性，偷偷亲子鉴定的实践者需要收集足够的样本来确保比较的准确性。如果任何一方不同意提供比较样本，则只有通过其他情况来证明亲子关系，比如母乳喂养，特殊共同经历，并且最终当局会选择执行比较样本，以便有效评估亲子关系。
偷偷亲子鉴定是指由经过专业认证的独立实验室进行的亲子鉴定，凭借先进的技术设备和科学的方法，准确鉴定互为亲子关系的申请人的关系。除正式亲子鉴定外，根据客户的要求，偷偷亲子鉴定也是很有必要的情况。
需要做偷偷亲子鉴定的情况一般有：一是申请人有正式亲子鉴定会影响其他人利益的情况，比如家庭分居较久，其中一方有新的家庭和子女；二是涉及到多个国家或地区执行异地亲子鉴定；三是家庭成员拒绝参与正式亲子鉴定，但又要求确定亲子关系利益事宜。
偷偷亲子鉴定所需的样本要求有：一般的亲子鉴定项目包括了亲子群体DNA指纹鉴定和奶粉比对，样本提供方需要提供针对父亲、母亲以及亲子各自的血液或口腔黏膜细胞样本，以及婴儿相关物品中高精度度DNAs样本，如婴儿毛发、婴儿粪便等。还有客户可以选择乳汁比对，样本提供方需要提供新生儿的乳汁以及疑似父亲的乳汁，一般要求一份新生儿的乳汁和二份疑似父亲的乳汁进行检测。
偷偷做亲子鉴定，一般是在当事人因各种原因不便让相关人员知晓鉴定行为的情况下进行，比如怀疑孩子非亲生但不想直接与家人产生冲突、想私下确认亲子关系以做后续决策（如财产分配、家庭关系处理等）、出于个人对亲子关系的疑虑且希望先私下求证等。
偷偷亲子鉴定可采集的样本类型多样，常见的有毛发（需带有毛囊，且最好是近期从头上拔下的）、口腔拭子（用干净棉签在口腔内侧壁擦拭，采集后自然晾干）、血液（如用采血针采集少量指尖血，需注意抗凝处理）、指甲（需剪取带有甲床组织的指甲，且要保证一定长度和数量）、牙刷（使用过一段时间的，能留存口腔细胞）、烟头（吸烟者吸过的，可提取口腔细胞）等。这些样本都能较好地提取到DNA用于鉴定，不过采集时要注意避免样本受到污染，保证样本的有效性和准确性，同时要妥善保存和运输样本，以确保鉴定结果的可靠性。
