有很多正规机构做爷孙亲子鉴定，其中比较常用的有全国三甲医院的遗传科或流行病学科、民政局的离婚登记处、法医学科等。爷孙亲子鉴定所需要的样本包括亲属间的血液样本（血浆、白细胞等）和检材样本（头发、牙齿、唾液、精囊等）。样本的采集对传统机构而言，会有一定的麻烦，但如果能够科学采集，可以有效提高准确度。而新技术的出现，例如微血渣，样本采集更方便、更快捷，并且鉴定准确度更高。因此，在选择机构的时候，一定要了解它的检测技术和服务，以免把资金、可能还有时间给浪费掉。
爷孙亲子鉴定是通过分析DNA的相似度等生物学特征，通过科学技术，来证明具有父子关系、祖孙关系者间的亲缘关系。由于爷孙关系比父子关系略有不同，因此，多数情况需准备3代及4代样本或其他样本同时检测，才能给出客观科学判断结论。
目前，国家认可的正规机构做爷孙关系鉴定案例有：中国社会科学院民族司调查研究所，中国科学院上海技术物理研究所，中国科学院合肥物质科学研究院，中国医学科学院基础医学研究所，山西省医学科技研究所，湖北省司法鉴定局等机构，这些正规机构都具有法律背景和专业技术，并且产生的鉴定结论可以具有法律效力，例如在继承、遗赠等权利问题上得到司法机关承认。
样本提取方式多种多样，可以采用血液、口腔拭子、毛发等方式，一般提取血液样本比较多，因为血液样本提取较容易且对提取样本的样本者一般是无感知的；要做爷孙关系鉴定，一般最少需3代样本，4代样本更有助于提高准确性。3代或以上最少3到4个样本者。如果相关样本者已经离世、家庭成员多或者移居国外，则可采取被定性物或遗传标记物等特殊检测方法。
进行爷孙亲子鉴定的正规机构主要是持有省级司法行政机关颁发的《司法鉴定许可证》的司法鉴定中心。这些机构的业务范围必须明确包含法医物证鉴定。爷孙亲子鉴定属于间接亲缘关系鉴定，技术要求较高，因此选择具备专业资质和良好信誉的机构是确保结果准确的前提。在选择时，应核实其是否具备独立的实验室及合格的鉴定人员，避免选择无资质的生物公司或个人工作室。
关于所需样本，一般分为常规样本和特殊样本。常规样本包括血液、血斑、口腔拭子以及带有毛囊的头发，这类样本DNA信息完整，检测周期相对较短。特殊样本则涵盖了烟头、牙刷、指甲、口香糖、剃须刀、精斑、肌肉组织或经特殊处理的病理切片等。在使用特殊样本时，需注意样本的保存条件，避免受潮或污染。例如，头发必须是拔下来的带有毛囊的头发，剪断的头发无法检测；指甲需提供靠近皮肤的边缘部分。不同的样本类型对检测技术的要求不同，建议在采集前与机构确认具体的采样规范。
