做上户口亲子鉴定一般采用口腔拭子进行DNA分析，即亲子鉴定采样方法。口腔拭子采样，是一种快速、无痛、便捷、临床安全的样本采集方法，广泛应用于婴儿和儿童临床检验，也被应用于亲子鉴定。该方法是拭取检测对象口腔粘膜（包括舌头、棕色、唇内等部位），然后通过DNA分析技术进行分析来建立亲子关系。
其次，可以采用血液采样，血液样本采集及分析，也是一种用于分析亲子关系的采样方法。一般分为有血样和无血样，有血样的采集方法是从检测人从肘内部或耳下吸取少量血液，然后通过DNA分析来建立亲子关系；无血样的采集方法是从检测人的血液中提取DNA链来建立亲子关系，无需采血。
最后，也可以采用卵子，由于亲子关系的分析基础是DNA，母乳采样也可以用于建立亲子关系。可以采用新生婴儿脐部细胞或者母亲母乳等方式采集新生婴儿的DNA样品，并进行分析，以证明两者的亲子关系。采用卵子的采样，可以更加准确的分析出亲子关系。但是，由于采样中所做的操作可能会影响胚胎发育，因此，采用卵子进行亲子鉴定的操作是需要与医生之间进行深入沟通和协商后才能进行的。
做上户口亲子鉴定的显著物质主要是染色体组分、核酸（DNA）和多肽片段。采样方法有：
腔细胞采样法：首先通过体腔细胞穿刺采集父、母、子三者体腔细胞（一般用月经液采集），再经历染色体和比较分析来鉴定。
血清学采样法：先采集父、母、子三者的血清或其他体液，以组织样品的分析方式来鉴定。
体器官采样法：主要是采用毛发和银屑病样品来进行鉴定，这两种采样方法可以得出比较可靠的分析结果。
混合DNA采样法：本种采用了最新研发的聚合酶链式反应（PCR）技术，是用分子原理来鉴定血缘关系，分析出共同的DNA碱基序列，来确定血缘关系。
真正意义上的部落血缘亲子鉴定采样方法：一般采用指纹鉴定法，首先测量父、母、子三者的指纹，并与实验室的指纹样本库中的样本进行比较，分析出其共同模式。
上户口亲子鉴定通常需要采集被鉴定人的DNA样本，以确认亲子关系。可用于鉴定的样本类型较多，主要包括以下几类：
常规样本：最常用且DNA含量丰富的样本是血液（指尖血或静脉血）和口腔拭子。此外，带毛囊的头发也是常见的样本类型。
特殊样本：在无法获取常规样本的情况下，也可以使用其他含有人体细胞的组织，例如用过的牙刷、咀嚼过的口香糖、精斑、烟蒂、指甲等。但特殊样本可能存在DNA降解或含量不足的风险，可能影响检测进程。
采样方法：采样需确保样本不被污染。对于血液样本，通常由专业人员使用一次性采血针采集；口腔拭子则由采样者用棉签在口腔内壁反复刮拭获取；头发样本则需要连根拔下，确保毛囊完整。所有样本采集后，应放入洁净的纸质信封中，并做好标记。
需要特别注意的是，用于上户口的司法亲子鉴定有严格的流程规定，必须由具有司法鉴定资质的机构进行，采样过程需要合法有效的第三方见证，并对被鉴定人身份进行核实。具体所需的样本类型和采样方式，应以户籍管理部门的要求和鉴定机构的指导为准。
