父子亲子鉴定涉及核酸、血清或外周血液中的基因物质，是运用分子遗传学技术，根据样本特殊位点的变异模式，准确、科学地鉴定两个人的血缘关系的技术。主要有三大程序：
1. 样本收集。采用吸尘器采集唾液拭子样本，或通过全血样本进行收集。
2. 分子遗传学鉴定。使用荧光定量PCR方法，从样本中提取遗传物质，再利用特征位点序列排比、全基因组序列比对等分子生物学技术，分析特征序列的相似性和差异性。
3. 亲子关系分析。根据遗传信息的量和品质，分析父子亲子关系，并根据分子遗传学数据计算概率，得出最终的鉴定结论。
父子亲子鉴定的准确度尤其重要，因此要求每一步的程序必须严格按照标准进行，并且样本的采集过程和鉴定结果是可靠和可追溯的证据。
父子亲子鉴定是将父子二者的DNA样本进行比对，让他们亦具有父子关系有一定依据，而这一过程所需要的程序包括：
1、取样：由一定数量的专业检验人员负责，采集受测者的DNA样本，一般采用拭子取样法，也有采用血液取样的情况；
2、样本处理：使用聚合酶链反应法（PCR）或者非PCR技术等将样本进行放大，以便深入检测；
3、扩增产物检测：使用一系列特殊方法对受测对象的扩增产物进行详细检测，以提取其并筛选数据；
4、比较分析：分析两个受测者的DNA片段是否存在匹配，以此来判断双方是否存在亲属关系；
5、结果验证：最后，做父子亲子鉴定需要有一个专业的实验室承担验证比对的结果，确保结果的准确性而形成最终的报告。
总之，做父子亲子鉴定需要采取取样、样本处理、扩增产物检测、比较分析和结果验证等一系列流程，以便准确得到准确的结果。
可用样本：父子亲子鉴定主要使用含有DNA的生物样本。常规样本包括血液、血痕、口腔拭子以及带有毛囊的毛发，这些样本DNA丰富且易于采集。此外，指甲、烟头、牙刷、剃须刀、精液斑等特殊样本也可用于检测，但需注意样本的保存条件以防降解。对于孕期鉴定，则需要通过医疗手段抽取羊水或绒毛组织。
鉴定程序：鉴定流程通常分为咨询、采样、检测和报告四个阶段。首先需确认鉴定类型，司法鉴定要求被鉴定人携带有效身份证件亲自到场，由专业人员采样、拍照并核实身份，以保证法律效力；个人隐私鉴定则允许匿名自行采样。样本送检后，实验室会进行DNA提取、PCR扩增和基因分型分析。技术人员对比父子间的遗传标记，计算亲权概率。最终，根据分析结果出具鉴定意见书，整个过程需严格遵循技术标准和操作规范。
