父母子亲子鉴定可以在全国各地各大医院、化验室、心理治疗中心、司法实验室等医学、法医科技单位进行，这些单位均有亲子鉴定专业人员及设备。采样方法有很多，常用的有指纹鉴定和血液鉴定。指纹鉴定方法以血缘关系鉴定，可以从母亲、父亲及相关子女，以指纹为特征，分析研判其关系。而血液鉴定一般采用全基因组扩增技术，使用DNA的比对技术，综合多种技术，可以给出有统计学意义的结果。
父母子亲子鉴定可以在一些医生门诊，社区卫生服务中心以及一些私人健康机构等处进行，常见的采样方法有DNA混合比对法、血液测试法、唾液检测法和指纹测试等。
DNA混合比对法是最可靠的亲子鉴定方法，它主要通过比对特殊基因序列实现鉴定。有时，医生需要同时收集母子的细胞样本，以测定它们的共同遗传特征，以此来判断其在母子之间的血缘关系。血液测试法是最常用的一种鉴定方式，可以帮助医生比较一个孩子的血型和家长的血型，从而从血型角度确定非生物父亲的身份。唾液检测法也是一种常用的检测方式，它通过唾液中DNA的检测，来判断母子之间的血缘关系。指纹测试是一种再造技术，它可以通过比较母子的指纹外观，结合一些先进的尖端技术，来判断血缘关系。总之，各种采样方法的准确性并不同，如果想要一个确切的亲子鉴定结果，最好还是选择DNA混合比对法。
能做父母子亲子鉴定的地方主要有两大类。一类是司法鉴定机构，这类机构具备司法资质，所出具的鉴定报告具有法律效力，常用于上户口、移民、打官司等司法用途。另一类是具备相应检测能力的医学检验实验室，它们专注于遗传信息检测，一些大型医院的实验室也会承接亲子鉴定业务，但并非所有医院都开展此项目。
常见的采样方法有多种。对于常规样本，血液采样是比较常见的，一般采集2 - 3毫升血液，通过专业的采血针在手指或手臂静脉处采集。毛发采样需拔下带有毛囊的头发5 - 8根，注意要确保毛囊清晰可见。口腔拭子采样时，用医用棉签在口腔内壁两侧反复擦拭10 - 15次，取3 - 5根棉签。对于特殊样本，如精液、口香糖、烟头、指甲等也可以用于鉴定，但特殊样本的检测难度相对较大，可能会影响检测结果的准确性。在采样时，要注意避免样本受到污染，严格按照操作要求进行，以保证鉴定结果的可靠性。
