能够开展同卵双胎亲子鉴定业务的机构，主要是获得司法行政部门许可、具备法医物证鉴定资质的专业司法鉴定中心。一般的综合医院如果没有设立此类专门的鉴定科室，通常无法直接受理此类委托。
同卵双胎亲子鉴定之所以可能出现“不准”的情况，核心原因在于检测技术的局限性。常规的亲子鉴定主要检测STR位点，而同卵双胞胎来源于同一个受精卵，其STR分型结果在理论上是完全相同的。因此，使用常规手段无法区分孩子究竟是双胞胎中的哪一位所生。
若鉴定机构仅依靠常规STR检测，在面对同卵双胞胎样本时，只能得出“包含”关系，却无法排除其中一人，导致鉴定结果不具备排他性，从而显得“不准”。要实现准确区分，必须采用全基因组测序或深度SNP分析等高端技术，以寻找双胞胎基因中极罕见的体细胞突变。若机构技术手段落后或不具备相应的分析能力，便无法完成精准鉴别，从而导致无法得出确切的结论。
对于“什么部门可以做同卵双胎亲子鉴定，为什么会不准”这一问题，答案是：通常来说，只有专业的医疗部门才能完成这一亲子鉴定，也就是医院或护理单位。同卵双胎亲子鉴定受到法律的保护，因此获得鉴定结果不够准确时，会变得不准。常规的基因检测技术只能确定两个同胞的关系，而无法确定第三者的关系，因此得出的结果可能不准确。为了解决这一问题，目前有许多专业机构开发了可识别第三方的鉴定手段，以确保安全性。这些检测手段受到严格的控制，因此只能由专业机构来完成。
