做出生证明亲子鉴定，需要的样本是母亲和孩子的血样、唾液或口腔组织样本。母亲的样本可以包括全血、血清以及血小板，这些血液和组织样本都能够提供叔叔征象，用以确定一个人与另一个人之间是否存在亲缘关系。此外，小儿也需要提供血液样本作为样本，它将提供婴儿相对于母亲的特定血征象的详细信息。新生儿的血样可以收集在试管中，以及通过穿刺取血或经静脉注射采样。此外，母乳中也可以收集样本，母乳中的母婴亲子鉴定样本，可以用来生成叔叔征象。唾液样本也可以用来做出生证明亲子鉴定，它可以通过一种简单又有效的方式获取叔叔征象。另外，口腔组织样本包括牙齿也可以用于体外诊断，但在婴儿时期，它比其他样本收集起来更为困难。总而言之，母亲和孩子的血样、唾液或口腔组织样本都可以用来做出生证明亲子鉴定。
做出生证明亲子鉴定需要收集父母全部或部分亲子基因检测样本，有两种检测方式，一种是仅需要父母样本和婴儿样本；另一种是需要两边父母和婴儿样本，其中婴儿样本仅需要一份。收集婴儿检测样本有多种方式：其中胎儿羊水样本（又称羊膜分泌液样本），是通过经前B超定位胎盘表面、临检中穿刺胎盘，从胎盘表面分泌液中收集样本，主要用在准父母同时接受检测时；新生儿小便、脐血、脐带血也可以收集出婴儿的DNA样本，通常用在父母同时不参与检测的情况下；卵性或非卵性携带胎儿的宫腔或外周血等检测样本，常用于母亲未接受检测时收集样本，且有可能收集到母亲DNA使仪器更加准确。除了婴儿检测样本，父母也可以采用唾液或拇指搓握的棉签，做检测样本。总的来说，做出生证明亲子鉴定，除了婴儿样本外，还需要父母的样本，可以是拇指搓握棉签、唾液、尿液等，以及根据检测情况收集胎儿羊水样本或宫腔或外周血等多种样本。
