目前，偷偷亲子鉴定可以采用以下两种方法：
1. 一种方法是采用DNA技术进行亲子鉴定，采集父母或者子女的DNA样本，然后通过分析相应的基因，它们之间的联系可以被肯定。这种方法的准确性比较高，它可以鉴定孩子的父亲和母亲，从而完成亲子鉴定。但是它可能没有匿名，参与者的身份很可能被确定。
2. 另外一种方法是采用临床证据法进行亲子鉴定。这种方法使用一组技术来收集身体特征或表型数据，包括人体生理特征，形状，体质指标，病史等，然后通过分析这些特征与数据，来确定子女与父母之间的关系。这种方法的优点是具有匿名性，参与者的身份可以很好地保护，而且可以在住院或门诊做出判定。
偷偷亲子鉴定一般在医院的遗传学科、分子遗传学实验室，法医鉴定所，公安机关等等位置进行，其中包括医院，诊所，法医检验所等。
偷偷做亲子鉴定属于个人隐私亲子鉴定范畴，主要有两种常见采样检测途径，检测环节均无需到特定场所，采样可自行完成：
自行采样邮寄检测：这种方式无需前往固定地点，可自行收集符合要求的样本，常见的适合偷偷采集的样本有带毛囊的头发（需连根拔取5-10根，避免剪取）、口腔拭子（用干净棉签擦拭口腔内壁10次左右，取3-5根）、使用过的牙刷、嚼过的口香糖、烟头等。收集样本后，可按照亲子鉴定机构的要求，将样本匿名邮寄至指定检测实验室，整个过程无需暴露身份。
预约上门采样检测：部分亲子鉴定机构提供上门采样服务，用户可以私下联系机构，约定合适的时间和地点（如自己家中、酒店房间等私密场所），由机构工作人员上门完成样本采集，采样过程不会涉及第三方，也无需到机构办公地点。
需要注意的是，隐私亲子鉴定的结果仅用于个人参考，不具备司法效力，且采样过程需严格遵循机构的规范，避免样本污染影响检测准确性。
