亲子鉴定可以使用头发作为样本，但需要带有完整毛囊的头发。
使用头发进行亲子鉴定时，必须确保采集的是拔下来的、根部带有清晰白色毛囊组织的头发。剪下来的头发由于不含毛囊细胞，无法提取到足量的DNA，因此不能用于鉴定。通常需要采集5到10根带毛囊的头发，用干净的纸张包好，并尽快送检。这种方法属于个人隐私鉴定的常见采样方式之一，其准确性与使用血液、口腔拭子等样本是一致的，都是通过检测DNA的STR位点来进行比对。
如果头发样本不符合要求，例如毛囊不完整、脱落时间过长导致DNA降解，或者被污染，则可能无法得出准确结论，导致鉴定失败。此时需要重新采集其他类型的样本，如口腔黏膜细胞或血液样本。
进行亲子鉴定应选择具有司法鉴定资质的正规机构。采集头发样本前，应避免用手直接触碰毛囊部位，最好使用干净的镊子采集。样本标记清楚后应尽快送检，如需保存，可置于阴凉干燥处或使用样本保存卡。鉴定结果具有重要的法律和情感意义，建议在充分了解相关流程和影响后再行决定。
医院头发是可以做亲子鉴定的，但是头发做亲子鉴定是有标准的，例如必须是带毛囊有毛根的头发，用剪刀减下来的头发以及自然脱落的头发是不可以的，因为无法通过此类头发中提取有效的DNA，检测出来的结果容易受到影响。一般六周岁以上的孩子可以使用头发做亲子鉴定，年龄太小，毛囊发育不全也会影响到检测结果。临床上用头发来做亲子鉴定的准确率高达99%以上。
